A onda je uhićen u sklopu afere Mikroskopi jer ga se tereti da je sudjelovao u koruptivnim dogovorima vezanima za kupnju robotskih mikroskopa. Te je mikroskope, kako što je već poznato, prema tvrdnjama USKOK-a, tvrtka Saše Pozdera hrvatskim bolnicama prodavala po prenapuhanim cijenama, pri čemu im je "pomagao" Vili Beroš, bivši ministar zdravstva Andreja Plenkovića, kojeg USKOK tereti da je za tu "pomoć" od zločinačkog udruženja koje je vodio Hrvoje Petrač primio 75.000 eura mita.
Što se tiče Rotima, njega USKOK tereti da je sudjelovao u nagovoru ravnatelja KBC-a Sestre milosrdnice da zatraži raspisivanje javne nabave za kupnju robotskog mikroskopa, a prema tvrdnjama USKOK-a, zauzvrat je Specijalna bolnica Neurospine, u kojoj je Rotim također zaposlen, dobila besplatan robotski mikroskop vrijedan 115.000 eura. Rotim je tijekom istrage iznio opširnu obranu, čiji sadržaj, kao i priznanja krivnje Hrvoja, Novice i Nikole Petrača te Saše Pozdera, u dosta nepovoljan položaj stavlja Beroša.
– Pozdera sam upoznao prije desetak godina u Beogradu na medicinskom kongresu, a sporni robotski mikroskop vidio sam nekoliko godina kasnije na jednom drugom kongresu. Svidio mi se i mislio sam da bi bilo dobro da ga ima KBC Sestre milosrdnice. KBC se nakon potresa obnavlja, a ja sam kao šef Klinike za neurokirurgiju lobirao za nabavu razne moderne opreme. Bio sam zainteresiran za nabavu mikroskopskog robota koji je nudila Pozderova tvrtka. Na jednoj prezentaciji na kojoj su bili i šefovi drugih neuroloških klinika Pozder mi je prišao i pitao me bih li ga htio imati. Odgovorio sam potvrdno, na što mi je Pozder rekao da uputim dopis prema nadležnim tijelima. Prvo ravnatelju bolnice i da objasnim zašto tražim taj uređaj i zašto će koristiti hrvatskim pacijentima, piše Večernji list.
Kazao je da ako ravnatelj bolnice procijeni da je to opravdan zahtjev, da će proslijediti Ministarstvu zdravstva. Pozder mi je rekao da on ima kombinaciju i da će Ministarstvo to odobriti. Rekao sam mu da se zahtjevi koji se šalju Ministarstvu odobravaju nakon tri mjeseca, šest mjeseci, najčešće nikad, na što mi je Pozder odgovorio da on ima kombinaciju s ministrom i neka samo pošaljem zahtjev. Kazao je i da će on s ministrom sve riješiti, da će on ministru platiti i neka ja samo pošaljem zahtjev. Zateklo me je s kakvom lakoćom Pozder govori da ima kombinaciju s ministrom, da će sve to s njim riješiti i da će mu platiti. Kazao je kako mu je u interesu da takve uređaje proda većem broju kupaca u Hrvatskoj te je kazao da je s Berošem u prijateljskim odnosima i da se s njim viđa – kazao je među ostalim Rotim, koji je istaknuo i da on s Berošem nije bio u dobrim odnosima.
Vezano za robotski mikroskop koji je, prema optužnici, završio u Specijalnoj bolnici Neurospine, Rotim je kazao da za njega nisu nikada ni dobili ni tražili ponudu po kojoj bi ga cijeni kupili. Tvrdio je da se robotski mikroskop vrijedan 115.000 eura tamo nalazio na temelju ugovora o posudbi, koji, kako je kazao, nije ni vidio ni potpisao, a tvrdi i da je u nekom trenutku uređaj i vraćen. – Taj robotski mikroskop nije bio kupljen, ni darovan, ni poklonjen, a ni korišten jer nije bio pogodan za privatnu praksu pa onda nije mogla biti ostvarena nikakva korist – kazao je u obrani Rotim.
